Tarihi yapılardaki orijinal taşların yerine traverten taşların döşendiği, pencerelerde dönem ile alakası olmayan demir doğramaların yapıldığı, 497 yıllık tarihi köprünün ise kemerlerinden birinin yıkıldığı tespit edildi. Restorasyonun aslına uygun olarak yapılmamasını gerekçe gösteren Valilik hakedişin sadece yüzde 36.65'lik bölümünü Yatağan Belediyesi'ne öderken parasının tamamını alamayan yüklenici firma ise belediyeye karşı hukuk mücadelesi başlattı. Kanuni Sultan Süleyman'ın 1522 yılındaki Rodos seferi sırasında Yatağan'ın Bozüyük Mahallesi'nde yaptırdığı, defineciler tarafından talan edilen mescit, han ve köprünün, bölge turizmine kazandırılması için 2014 yılında çalışma başlatıldı. Muğla Valiliği Yatırım İzleme ve Koordinasyon Başkanlığı'nın (YİKOB) mali desteğiyle mescit, han ve köprünün restorasyon işi için 26 Kasım 2014 tarihinde 15 firmanın katılımıyla ihale yapıldı. İhaleyi alan firma ile Yatağan Belediyesi arasında yer teslimi sözleşmesi imzalanmasının ardından restorasyon çalışmalarına başlandı. Ancak restorasyon çalışmaları, 2015 yılında proje ile yapım aşamasında ortaya çıkan farklılıklar nedeniyle durduruldu. Daha sonra Yatağan Belediyesi yeni bir proje hazırladı ve proje Muğla Koruma Bölge Kurulu tarafından onaylandı. Başlangıçta hazırlanan projede restorasyonu yapılacak hanın üzerinin kapalı olması planlanırken, yeni hazırlanan projede açık olması dikkat çekerken hazırlanan projede köprünün restorasyonu da ikinci projeden çıkartıldı. İkinci projede belirtilen şekilde mescit ve hanın restorasyonu tamamlandı. Ancak mescit ve hanın aslına uygun olarak restore edilmediği ortaya çıktı. Taş motifli kubbenin sıvandığı, pencere ve kapıların doğramalarının döneminden çok uzak metalden yapıldığı, çevrelerine taş sütunlar yerine traverten taş kullanıldığı ve ayrıca restorasyon sırasında kullanılan bazı malzemeler nedeniyle mescidin su akıttığı görüldü. Handa da benzer yanlışların yapıldığı tespit edildi. Rodos Seferi sırasında kullanılan ve ikinci projede restorasyondan çıkartılan taş köprüde ise ilk proje aşamasında hatalar yapıldığı da tespit edildi. Köprünün üç kemerinden birinin de restorasyon sırasında yıkıldığı belirlenirken restorasyonun tamamlanmasının ardından yüklenici firma, Yatağan Belediyesi'nden ihale bedeli olan 1 milyon 258 bin 331 liranın ödenmesini istedi. Bunun üzerine Belediye, Valilik'ten hakedişin yatırılmasını talep etti. Ancak Valilik, restorasyonun aslına uygun olarak tamamlanmadığını ileri sürüp, Taşınmaz Kültür Varlıklarının Korunmasına Ait Katkı Payına Dair Yönetmelik hükümleri gereği, söz konusu ihale bedelinin sadece yüzde 36.65'lik bölümünü ödedi. Bunun üzerine parasının tamamını alamayan yüklenici firma Yatağan Belediyesi hakkında hukuk mücadelesi başlattı. Muğla Valiliği Yatırım İzleme ve Koordinasyon Başkanı Vali Yardımcısı Fethi Özdemir, konuyla ilgili olarak yaptığı açıklamada, kendilerinin mevzuat doğrultusunda yapmış oldukları finansal desteğin dışında restorasyon çalışmasıyla ilgili herhangi bir muhattaplarının bulunmadığını belirtip, projenin tamamen Yatağan Belediyesi tarafından yürütüldüğünü savundu. Kanuni'nin Rodos Seferi sırasında Muğla sınırları içerisinde yer alan güzergahın turizme kazandırılması için Muğla Valiliği tarafından hazırlanan Kanuni Yolu Projesi'nin komisyon üyelerinden Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi Öğretim Üyesi ve Osmanlı Kültür Tarihi Araştırmacısı Prof. Dr. Namık Açıkgöz ise, yaşanaları 'Kaş yapayım derken göz çıkarmak' olarak değerlendirdi. Açıkgöz, şunları söyledi: "Kanuni Sultan Süleyman Rodos Seferi esnasında 24 Temmuz 1522 günü Bozüyük nahiyesinde otağını kurdu. Sefer hazırlıkları başladığında güzergahtaki lojistik hazırlıklar çerçevesinde muhtemelen Bozüyük Köprüsü de yapıldı. 1990'lara kadar kullanılan 3 gözlü köprü, ayaklarının bastığı toprak zeminin aşınması sonucu göçtü. Geçtiğimiz yıllarda toprak zeminin kayması hesap edilmeden restore edilmeye başlanmış olacak ki dere üzerindeki ayaklar daha da ayrılarak göçmüş. Ayrıca cami ve han restorasyonunda bir takım yanlışlıklar yapılmış. Mesela pencereler aslına hiç uymayan bir metal doğrama ile yapılmış. Vaktiyle yapılan yanlışlığı bir yetkiliye ilettiğimde 'Hocam anıtlar kurulu böyle onaylamış' dedi. Bozüyük mimari eserleri Kanuni'nin yöredeki en önemli izleridir. Korunmasında ve restorasyonunda özen gösterilmelidir."
