Havalimanının açılışının yapıldığı 2012 yılında dönemin Ulaştırma Denizcilik ve Haberleşme Bakanı olan Eski Başbakan Binali Yıldırım yanlış planlama nedeniyle büyük kamu zararına neden olan havalimanları arasındaki Afyon zafer Havalimanı’yla ilgili şunları söyledi:
“Partinin kuruluşunu ilan etmek için Afyonkarahisar'ı seçmiştik. O gün ben İstanbul'dan Bilecik üzerinden kamyonların, tırların arkasından yavaş yavaş 8 saatte Afyon'a ancak gelebildim. O günler geride kaldı. Artık Ankara'ya iki saatten az bir sürede gidiliyor. İstanbul'a keza yine en fazla 3 buçuk saatte gidilebiliyor. O yüzden de Afyon zafer havalimanı da istediğimiz yoğunlukta çalışmıyor. Yolları bu kadar çok güzel yapınca insanlar Kütahya'ya gitmişken havaalanına gideceğine buradan devam edeyim İstanbul'a hemen varırım diye düşünüyor.”
Kütahya, Afyon ve Uşak illerine hizmet vermek üzere yap işlet devret (YİD) modeli ile yaptırılan ancak bu yıl da kamu zararı yaşanan Zafer Havalimanı ile ilgili CHP Zonguldak Milletvekili Deniz Yavuzyılmaz’ın TBMM'deki sorusuna, Devlet Hava Meydanları Genel Müdürlüğü’nün gönderdiği 22 Eylül 2020 tarihli bilgi notu havalimanındaki kamu zararını gözler önüne sermiş, DHMİ, 2020 yılının ilk 8 ayı için iç hatlarda 501 bin 706 yolcu garanti edilmişken, gerçekleşen yolcu sayısının 4 bin 746'da kaldığını ve kamu zararının 39,8 milyon TL olduğunu açıklamıştı.
İşletme süresi 29 yıl 11 ay olarak belirlenen Zafer Havalimanı'nda uçmayan yolcular nedeniyle 21 Mart 2044’e kadar devlet kasasından para ödenecek.
